No afectan en nada la instalacion de otro kernel uno encima de otro. Sino los devs hubiesen creado sus propios limpiadores. Para eliminar algun residuo etc... Solo wipe cache y dalvik y adelante.
Si quieres flashea la ROM actual de tu movil con los 2 wipes y fijate si ya se borraron esos ficheros.
Tambien podrias hacer un format system si quieres asegurarte, peeero ten cuidado que se borraran los datos de configuración de las apps, vamos no te borra las apps pero te pide que las configures nuevamente como si fuese nuevo.
Saludos.