Las carpetas las crea la rom que pongas, tu por ello no te preocupes, solo que si instalas una rom CM por ejemplo te lo mete en una carpeta 0. Es dificil de explicar y entender si no lo ves. El caso, Stock modificada no toca nada. ROMS como CM, PA y OMNI te crean una carpeta 0 y hacen esta de carpeta raiz.