Hola Fleky, a ver, si entendemos la ROM totalmente limpia lo primero que haría sería instalar el Manila Customizer que lo tienes en este enlace donde pone
LATEST DOWNLOAD HERE (October 7 v0.11.133)
http://forum.xda-developers.com/showthread.php?t=427392
Luego tienes un montón de skins aquí
http://forum.xda-developers.com/showthread.php?t=425974
En ese enlace dice que los CAB se escutan sin más, pero veo que ralentizan un huevo el sistema, los ZIPs pone que hay que copiarlos a la carpeta Windows, pero yo desde el Manila Customizer, en la pestaña Themes, le doy a Add Theme y selecciono el ZIP. Y luego está la versión M2DCT que se pueden importar también desde el Manila Customizer. Yo no lo he probado.
Sinceramente la lentitud del arranque creo que está relacionada con la gran cantidad de archivos que se acumulan en la carpeta Windows, sólo hay que ver lo que le cuesta abrirla desde el Explorador de Archivos. Pero lo digo por suposición no lo sé con seguridad.
Y creo que con eso te explico todo. A ver si tienes suerte.