Mmmm, es posible que eso ocurra si desconectas la desi del ordenador cuando está en modo disco USB o almacenamiento masivo. Antes de desconectar/desenchufar el USB asegurate de cambiar al modo "solo cargar telefono" y que la desi monte de nuevo la tarjeta, de otro modo se pueden corromper los datos en la SD, incluso dañar la SD. Prueba a reiniciar el telefono para que monte de nuevo los sistemas de archivos (SD incluida) . Saludos.
Edito: No creo que te compense el uso de antivirus. En sistemas Linux/Unix como android son practicamente inexistentes y comsumen bastantes recursos y bateria, claro!!