El Nexus Root Toolkit no sirve para liberar el Nexus.
Se usa para desbloquear el bootloader, conseguir permisos root, instalar recovery, flashear la ROM de origen, bloquear el bootloader, etc.
Como te indica RichiX0 prueba a restaurarlo desde el NRT.
PD: Vaya cosa mas rara que se pierda el IMEI a causa de que se haya mojado el terminal...

