Por ahora las aplicaciones sólo se pueden instalar en la memoria interna. Hasta que actualicen a Android 2.2 no se podrán instalar en la tarjeta SD.
Para ejecutar aplicaciones las puedes copiar en la carpeta qué quieras, o en la raíz de la tarjeta SD, da igual. Lo que te hará falta luego es una aplicación para instalar aplicaciones, tienes muchas en el Market.