Los servicios como tú mismo dices no se mueren, pero la Activity si se muere, y si lo primero que hace tu Activity Main es solicitar login lo hará siempre que la abras y no esté en memoria, aunque el servicio esté en funcionamiento.
Lo que tienes que hacer es al abrir la Activity preguntar si el servicio está en marcha, y si es así pues ya depende de como hagas para comunicarte con el servicio, si lo haces mediante un ResultReceiver tendrás que "bindearte" al servicio desde tu nueva Activity. Si lo haces mediante BroadcastReceiver lo único que tendrás que hacer es registrar el BroadcastReceiver en la nueva Activity.
En cuanto a lo de la notificación persistente, se hace con "setOngoing(true)" cuando creas la notificación. Pero eso no te garantiza que la Activity no se cierre, y si el servicio se muere la notificación no se irá, así que asegúrate de que el servicio la limpie cuando se destruye.
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