Si llevas la opción de Depuración USB activa en teoria seria mas facil que un ladrón muy especializado pudiera llegar a acceder a archivos internos de tus aplicaciones (por ejemplo, extraer la base de datos de tus conversaciones de Whatsapp).
Pero sinceramente, solo con tener un Recovery modificado, si un atacante quiere ir a por tus datos privados podría ir, ya que haciendo cosas que evidentemente no se describiran en un foro abierto, se podria llegar a obtener lo mismo.
Aunque pueda parecer un escandalo tremendo y una falla de seguridad enorme, puedes estar tranquilo, los datos de una persona de a pie no son lo que les interesa al tipo de gente que se puede dedicar a esto, asi que tranquilamente puedes llevar ambas opciones activadas y usar Titanium, una gran aplicacion
Mas susceptible a "malware"?
Tu eres el unico dueño de que instalas en tu Android y de cuando darle permisos root
El sentido comun es el mejor antivirus que hay