No recuerdo si el led parpadeaba de diferente color para mensajes (verde? blanco?) Que para llamadas perdidas y carga (creo es rojo). Mi punto es que puede ser q se haya dañado el led del color, y no las notificaciones, problema de hardware. El led se ponía verde con carga completa, se prende el verde?
Puedes probar instalando gingerbread limpio (con previo nandroid backup de preferencia) para ver si es cuestión de software.