En mi caso utilizo la custom rom Ceberus V5,esta trae kernel stock y se lo cambie por el custom kernel Thunderkernel,el cual no me dio problemas,en el CWM hice un backup tanto de la stock rom con kernel stock,custom rom con kernel stock y custom rom con custom kernel.Si quiero regresar a custom rom con kernel stock solo hago un restore con el archivo que tiene el kernel stock y listo,en un explorador de archivos busca la carpeta clockworkmod,dentro estara la carpeta Backups y dentro estaran los backups que hayas hecho,renombralos para diferenciar cual tiene stock kernel,cual es stock rom,etc.
Es en lo que te puedo ayudar amigo.