No tienen nada que ver. Absolutamente nada.
El knox por un lado es un entorno de trabajo seguro, bajo una clave. Por otro lado es un bootloader que lo registra todo y evita cambios en system o en el recovery/kernel.
Si tocas lo que no debes le dices adios a la garantia.
Lo que ha hecho google son cambios en su código que hacen que lanzar scripts o apps de terceros desde la particion data no sea posible. Y esto es 0recisamente lo que hacen muchas apps con root. Llamar al superuser desde data y es eso lo que deberan cambiar para seguir funcionando correctamente.
Google no impide que hagas root, esta dotando de mas seguridad al codigo evitando que se puedan ejecutar scrits maliciosos desde data sin consentimiento del usuario.
Como puedes ver google.no pone trabas a que hagas lo que quieras con tu teléfono. Hasta el momento los nexus prrmiten desbloquear y volver a bloquear fácilmente el bootloader para hacer lo que quieras.
A samsung la ponemos de vuelta y media por que se lo merece por que cada vez queda menos de esa libertad que antes tenias con android