Yo recomiendo, si vas actualizar cada mucho haz mínimo wipe cache y wipe dalvik, yo personalmente haría hasta wipe data...
Si actualizas 1 o 2 veces por semana, no hagas ni wipes y puedes instalar directamente.
Todo esto sobre la misma rom, no mezclando nightfly con compilaciones, ya que hay cosas diferentes, siempre sobre la misma.
Si pasamos de nightfly a compilación o viceversa, os recomiendo los 3 wipes, a la larga nos curamos en salud con una instalación limpia y si nos fallará algo sabemos que es de la rom y no de una mezcla de roms en una mala instalación

Saludos
Movemos esto al apartado general