Aquí está el hilo donde se comenta que se puede instalar una rom customatizada sin mover el knox
http://www.htcmania.com/showthread.php?t=748199
En este te dicen como rootear cuando tienes la versión 4.3 sin mover el contador
http://www.htcmania.com/showthread.php?t=749644 en 4.2.2 aquí
http://www.htcmania.com/showthread.php?t=645526 y también explican sobre el root en versión 4.3
Sobre el knox, no hay razones que digan que no te darán garantía si está activado. De hecho hay un hilo que habla de eso pero ya no se mueve por lo mismo. El knox cambiado solo es una conciencia que te recueda que ya saben lo que hiciste el verano pasado.