El kernel hasta donde yo se si no eres S-OFF tienes que flashearlo aparte, cada vez que bajas una nightly nueva. En informacion del telefono mirate la version del kernel y la version de compilacion, deberian de coincidir las fechas.
Puedes usar Flash image GUI, una apk que te evita tener que sacar el kernel fuera del movil y flashearlo mediante linea de comandos (por bootloader), asi lo podrias hacer todo en uno cada vez que actualices: Primero flasheas el kernel, reinicias en recovery y despues actualizas la rom.