A mi me parece una decisión difícil, uno tiene cosas que no tiene el otro y viceversa.
La ranura para micro SD y los botones fuera de pantalla son algo que valoro mucho, pero en lo personal elegiría el Moto G, porque la pantalla no es tan pequeña como para que los botones en pantalla dejen pantalla útil menor de 4.3 pulgadas que es la que tiene el S4 mini, y 16 GB para mi son suficientes.
Eso sí echaría de menos el diseño y tamaño del S3 mini y los botones fuera de pantalla, como te digo cada uno tiene cosas que no tiene el otro y el algo difícil al menos para mi, pero elegiría el Moto G.