Vale pues segun el update script te copia el contenido a system.
El update.zip tendria que contener 2 carpetas a la raiz
1 - META-INF > com > google > android > y dentro el update-script
2 - System > y dentro la carpeta donde tengas que copiarlo de system y dentro el archivo, por ejemplo si queres copiar los apn que esta en /system/etc/apns-conf.xml pues la segunda carpeta seria system > etc (carpeta) > apns-conf.xml (el archivo que quieres copiar). Entonces segun el update script te copiara el archivo apns-conf.xml en /system/etc.
Pero no seria mas facil que cojieras el update que tienes para la hero, actualizaras los archivos de la carpeta system y volvieras a firmar? asi seria mas facil.
Y el update-script que yo sepa no se crea solo, igual cojiste alguna plantilla.