Para mi lo del hilo es lo de menos, no me molesta para nada, pero es mejor que ya que tienes los dos, te centres en ellos, en probarlos, y fijate mas en la experiencia de uso que te da cada uno y no tanto en nuestras opiniones, que para gustos hay colores.
Dicho esto, comento porque en Julio del año pasado hice el mismo cambio a la inversa, llevaba 6 ó 7 meses con un S3, que compre porque no podia tener acceso al Nexus 4 con sus dichosos problemas de stock... Y todavia seguia picandome el gusanillo del N4.
Como disponia de dinero suficiente, lo compre antes de vender el anterior, y lo compare mano a mano con el S3.
Lo primero que vi, fue que con 4.2.2, el N4 tenia un colorido de pantalla espantoso, descolorido, como pasado por lejia pero a lo bestia, y venir de la saturacion de una AMOLED (que no me desagradaba) del S3 a una IPS con un esquema de colores palido pues me tiro en principio para atras, un contra.
La camara las probe cara a cara, desde luego el S3 sale ganando bastante, pero como tuve tiempo, lleve mi N4 a conocer mundo, y saque fotos, y descubri que estaba muy desprestigiada, demasiado, para mi, siendo inferior la camara del N4, para el uso que le doy me conformo con ella, y ademas que no me disgusta.
RadioFM, un contra sin mas.
MicroSD, fijate, era de los que antes se quejaba mucho de la cagada de no tener expansion MicroSD, o al menos que el N4 no tuviese una version de 32Gb, es una desventaja clara, pero usandolo al final me di cuenta que con los 16Gb (12,9 disponibles) me iba bien.
Lo de la bateria extraible, hay gente a la que le viene muy bien, para mi hoy por hoy me es indiferente.
TouchWiz no me desagradaba, de echo, lo llevaba usando con una custom rom basada en originales de Samsung (AndyX ROM) y genial, y traia funciones como lo del Smart View que estaban chulas, y podian llegar a ser utiles.
Por parte del N4, mayor fluidez, no muchisima mas, pero si que lo apreciaba.
1Gb mas de RAM.
Un SOC algo mas potente, aunque no mucho mas.
Una GPU definitivamente mas potente, que la del S3 unicamente se salva porque esta muy extendida y los juegos se optimizan para ella.
Android puro, que me gusta, aunque como dices esto puede ser un pro o un contra, si prefieres los añadidos de Samsung u otras marcas.
Actualizaciones, y aqui es donde por mi parte, se decanto la balanza hacia el N4, porque Android 4.3 salio en plena epoca de pruebas, y:
El esquema de color del N4 cambio, y no era ni de lejos tan palido como en 4.2.2, ademas aumento un poco mas la fluidez del N4.
Edito: Tambien pongo como ventaja que es un Nexus, y por lo tanto cualquier ROM AOSP va a obtener el mismo rendimiento que una Stock o mas por las distintas optimizaciones que traigan, debido a que los fabricantes de los componentes liberan los dirvers originales. Con muchos modelos, el S3 entre ellos, que disponen de chips privados y de los que no se liberan los drivers tienes ese problema, AOSP nunca va a rendir igual que las propias roms stock. Cyanogenmod por ejemplo iba muy bien en el S3, llegaron a un punto en el cual el rendimiento se asemejaba a una Stock, pero si le pedias potencia, como con juegos modernos, y los comparabas con stock, veias que habia desventaja.
Eso es mas o menos las comparativas que yo realizaba, las puse en una balanza y al final me decante por el N4. Ahora con Android 4.4.2 desde hace mas de un mes, YO no volveria al S3.
Tratandose de estos dos terminales, sea cual sea el que elijas, sera una buena eleccion, pero simplemente haz eso, pruebalos a fondo.