Te pide desconectar porque, como bien ha dicho raulindos, al funcionar el Modo USB se desmonta la SD para poder meter archivos en el.
Prueba a modo "Solo Carga" o desconectalo y ponlo en un enchufe.
De todas formas, yo uso ES File Explorer, porque incluye Navegador de archivos, funciones Root, Instalador de apps, y transferir archivos via WiFi y Bluetooth al ordenador
Ah, y comprueba dos cosas:
1º El FlashRec debe ser un .apk. Si es un .zip o cualquier otro cambia el formato (cambiando en el nombre .zip por .apk)
2º El Custom Recovery debe ser una .img. Si no lo es cambia el formato que sea por .img