Eso es porque no has cerrado la aplicación, aunque no esté en una actividad si solo la minimizas (con el del medio) sigue en segundo plano. Yo lo que hago es salir con el de retroceso y ya está; aunque si te sientes más seguro siempre puedes abrir las ultimas aplicaciones (con el botón de la derecha) y deslizar hacia un lado el endomondo.
Yo tengo la versión pro, de endomondo, y me consume entre un 5-10% cada hora de batería nunca más (eso si, la pantalla casi siempre apagada, por no decir siempre)
P.D. Para saber cuando está el GPS activo fíjate en la barra de estado el icono de ubicación (si no está, no está activo) para saber cuando ha estado el gps activo, baja la barra de estado con dos dedos y pulsa en la batería, te saldrá una gráfica, si la pulsas se desglosa y te marca que es lo que se ha estado usando cada momento