Rooteando no pierdes aplicaciones de ningún tipo, salvo que las desinstales voluntariamente claro.
Tal vez te estés confundiendo con perder las llaves DRM, que se produce al liberar el bootloader (no tiene absolutamente nada que ver con el proceso de rootear). Sin las llaves DRM se pierde el motor Bravia Engine, y dejan de funcionar apps como TrackID. Pero repito, rooteando no ocurre nada de esto.