Solo se me ocurre que pruebes a hacer todos los wipes al telefono desde un recovery (ahi varios que se instalan directos desde el odin) apagar el telefono desde el recovery y entrar al modo de download para instalar una rom 4.1 (todo esto sin haber arrancado nunca con la 4.0) a ver si es algun resto de la configuracion de la rom la que no te deja iniciar la actualizacion.
Aqui tienes unos links de recoverys:
http://goo.im/devs/philz_touch/CWM_A..._Edition/i9300
http://techerrata.com/file/twrp2/i93....3.1-i9300.tar