No se, yo cuando cambio de room flasheo este zip desde CWM o TWRP para tener root y no hay fallo.El zip te lo guardas para futuras roms que vayas probando y no vengan con root
Para que el windows te reconozca el movil para trastear con adb y fastboot mirate los primeros 3:40 de este video, te bajas el zip que hay en informacion del video y no tendras fallo
Un saludo