La razón fundamental para usar MTP frente a los medios de almacenamiento USB (USB Mass Storage) es que permite a los dispositivos tener un sistema de archivos propio, mientras que los que funcionan con USB mass storage casi siempre usan FAT. Cuando un periférico que usa FAT se conecta a un ordenador, éste "se apropia" del sistema de archivos y por lo tanto el dispositivo no puede por sí solo añadir, eliminar, ejecutar o renombrar ficheros durante el tiempo que está conectado sin arriesgarse a corromper el sistema de archivos. MTP (o PTP) no impone este bloqueo. Además gestiona cuando un dispositivo se desconecta enmedio de una transferencia, situación en la que un sistema de archivos FAT se corrompería
