Al final ya he solucionado más o menos el tema, con Titanium Backup Pro, he hecho una copia de seguridad de aplicaciones y datos del móvil, guardándolos en la SD (Puedes elegir destino,pero no en la nube), y posteriormente he hecho una sincronización en mi caso con dropbox. Como tarea programada dos dias a la semana, hará copia de seguridad de los cambios en las aplicaciones. . . y seguidamente he ordenado que suba también a la nube dichos cambios. He cifrado las copias de seguridad, así que solo con la clave maestra se puede usar. . . Por si a alguien le sirve de ayuda, aplicación 100% recomendada.
PD: Para quien quiera subir directamente a la nube, puede usar el programa Helium, que no lo he probado,pero si me ha recomendado una buena fuente