Aquí se comenta algo sobre eso:
http://www.htcmania.com/showthread.php?t=468313
Parece ser que esto ocurre porque en el momento de actualizar superuser no tenías activada la depuración usb.
También hay casos en los que funciona mejor supersu, puedes probar este último a ver si no te falla. Yo por ejemplo para rotear un thl instalé por error primero el superuser y no me funcionó lo que quería hacer. Como no me dejaba desínstalarlo lo inhabilité y después instalé supersu y ya se eliminó el superuser. Después ya conseguí hacer el roteo.