Los wipe cache y dalvik cache, solo eliminan datos temporales internos del android, y ellos solos se regeneran, por ejemplo tras un wipe dalvik cache el teléfono tardará más en iniciarse la primera vez porque lo esá regenerando.
El "wipe data/factory reset", te deja la rom actual limpia, como recién instalada (no con la rom que traía de fabrica). Perdiendo todas las configuraciones y app que hayas instalado.
Luego si al cambiar de rom, haces wipe data, pierdes todos tus datos y configuraciones.
Normalmente si estas actualizando una rom sobre una actualización de la misma, no es necesario hacer el wipe data, pero si hay que hacerlo si estas cambiando a una rom distinta.
Por ejemplo:
- De Miui a CM hay que hacerlo.
- JHBCNAH3.0 - RC1 a RC3 no hace falta.
- JHBCNAH3.0 a JHBCNAH4.0 hay que pensarlo.
Pero claro, aunque tu no lo hagas, puede (o no) que internamente la carga de la rom lo haga, con lo que perderías tus apps.
El Titanium backup sirve para hacer un backup una app y sus datos (una a una, aunque en versión pago, puedes marcar una lista, pero seguirán siendo una a una), es decir por ejemplo un juego y tus avances o partidas, cosa que de reinstalar la app comenzarías desde 0. También puede hacer backup de app de sistema, sus datos y configuraciones de usuario, pero esto hay que tratarlo con cuidado ya que restaurado indebidamente puede causar problemas que ciertas app o el sistema falle.
Una vez hechos los backup de las app, si deseamos recuperar alguna perdida la podemos seleccionar y restaurar, solo la app o la app con sus datos.
Otra forma de hacer backup, muy conveniente siempre que hablamos de flasheos, es teniendo instalado el Recovery CWM (la mejor razón para tenerlo) es hacer un backup (que se suele denominar nandroid-backup), en la opción backup que tiene. Porque si la cagamos o la rom no funciona o no nos gusta, siempre que podamos acceder al recovery, podremos restaurar la rom anterior con un simple restore.
Pues con un backup de CWM, por la opción "advance restore", podemos restaurar solo la partición data y recuperar todas nuestras app y datos.