Generalmente no tienes errores al pasar de una rom stock a otra, menos si es de la misma versión. De hecho no es necesario hacer wipe de datos. Pero si es de diferente csc es obvio que no vas a tener actualizaciones via ota o kies hasta que lo cambies, eso apenas con root.
Sobre respaldar la carpeta efs, siempre es recomendable, especialmente si uno anda flasheando.