Dependiendo de la rom que haya instalado podrás o no podrás eliminar la segunda partición, ya que hay roms que necesitan una segunda partición de manera obligatoria.
Si la rom que tienes actualmente no hace uso de la segunda partición, dejando ésta simplemente para alojar apps, sí, podrás formatear para eliminar dicha partición, pero te quedarás sin memoria externa donde instalar aplicaciones y la memoria interna de tu móvil se agotará en un suspiro.