Estaba en el mismo caso, bootloader abierto, rooteado y algunos ficheros de sistema cambiados, hice copia con titanium, flashee la 4.4 con SkipSoft Android ToolKit (antiguo Nexus 4 toolkit) me salto la OTA 4.4.2, se instalo perfectamente, hice los wipes, cache y dalvik, root de nuevo con el toolkit y clockworkmod i recupere aplicaciones y datos con titanium backup y listo, el "trasto" funciona de maravilla
Saludos