No estoy seguro de como funcione la aplicación que comentas. Pero en principio, desinstalar una aplicación, no debería quitar el rooteo del terminal.
Supongo que con desinstalar esa app que comentas, e instalar a continuación superuser, sería suficiente.
Si tienes recovery CWM instalado, haz un backup antes por si acaso, así podrías volver al estado actual.
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