Eso es normal, de hecho es como debería haber estado desde un principio.
Las aplicaciones van todas en la memoria interna, limpiando así la memoria externa y evitando que al sacar esta del dispositivo o desactivándola simplemente dé problemas en el móvil por falta de archivos o en algunos casos llegue a crear dobles carpetas (imagina Whatsapp, tienes MicroSD y manda allí todo, pero por lo que sea tienes que sacar la MicroSD o desactivarla y el sistema crea otra carpeta Whatsapp en la memoria interna... doble carpeta, doble espacio).
Puedes en Ajustes - Almacenamiento decidir donde quieres que vayan por ejemplo las fotos que se hacen con la cámara u otras cosas predeterminadas.
Un saludo