primero.. que gapps quieres instalar
segundo.. porque cambiar las gapps que pone por defecto cyanogen?
tercero... yo prefiero las gapps de PA (paranoid) siempre dejan las ultimas actualizadas y no he tenido problemas
cuarto, si dicen que las puedes cargar por recovery... lo haces no mas.. la otra forma es dejarla en la raiz para que tome el archivo.. (prefiero la primera) y no es necesario reinstalar la rom
espero haberte ayudado