no te cargas nada, yo he hecho muchos factory resets, porque me gusta probar roms, y nunca me ha pasado nada
lo puedes hacer desde el movil sin entrar a recovery, creo que es ajustes-copia de seguridad-restablecer datos de fabrica
o si no desde recovery facilmente con wipe data/factory reset
el root lo recuperas facilmente, y ni siquiera tienes que usar odin, esta framaroot, que es una app, que te rootea, eso si, no tendras cwm
luego para las apps si tienes root, haz un backup de las mas importantes, con titanium backup, y luego del reset, simplemente las restauras sin mas problemas, y no se perdera nada...