Lo del parpadeo de la pantalla es un problema de fabricacion del hardware, hay componentes que manejan tensiones que son de muy mala calidad.
Sobre la aplicaciones, hay apps que no funcionan en cada ROM por la play store.
Y sobre los privados que me has mandado (te pido que las consultas las hagas aqui y no por privado, ya que tus dudas les pueden servir a otros foreros), si te fallan cosas al instalar pueden ser dos cosas, o bien no haces todos los wipes o bien restauras datos con el Titanium Backup de apps que no son compatibles.