Sí, pierdes root. Si tienes SuperSu desrootealo primero mejor y luego instala la actualización. Después vuelve a rootearlo igual que antes.
Ah, si tienes el Recovery modificado te puede dar problemas. Si lo tienes te recomiendo que pongas el recovery stock de la misma manera que lo pusiste (puedes encontrarlo descargando el archivo de tu versión actual desde la página de descargas de BQ y dentro verás el recovery.img.
Un saludo