Este tutorial está diseñado para Windows, te permite instalar una ROM sin copiarla al movil. Lo ubico que desconozco es como va lo de ADB en Linux, a ver que necesitas instalar y tal.
http://www.foro-nexus.com/showthread.php?tid=241
Una vez tengas ADB en tu ordenador, los comandos deberian ser los mismos. Y si manejas solo Linux, supongo que la Terminal no será nueva para ti.