Antes de responderte un par de cosas:
1. El título no es descriptivo
2. Las consultas mejor en la sección general no en la sección de desarrollo
Bien, el actualizando aplicaciones cuando instalas un mod es eso mismo. Cambias unas apps por otras y el sistema tiene que actualizarse para reconocerlas.
En caso de las Roms se debe al tweak de zipalign. Desde luego, no causa ningún problema y el zipalign es necesario para el buen rendimiento.
