Hola Dj_JaC. A mi me pasa exactamente lo mismo.
He flasheado la ota y el supersu manualmente y al arrancar el sistema todo parece normal, pero supersu no aparece en el menu de programas (si en la lista de aplicaciones de la configuración) y no le da permisos de root a ningun programa.
¿has conseguido solucionarlo?
Mi versión de supersu es 1.80.