Para lo que comentas te puedo decir un par de cosas, la primera es tener paciencia, cuando hacemos un cambio en el kernel primero se tiene que asentar bien al sistema.
El kernel es el corazón de android y andtoid trabaja en base a la configuración de este,al haber cambios sobre todo en oc el sistema se ha de aconstumbrar a estos cambios y a veces requiere sus reiniciós,el uso del teléfono también es importante,pero con paciencia.un par o tres de reinició bastaran,es normal que cuando le damos un uso con una frecuencia mayor a la que el móvil suele dar el sistema no asimile a la primera este tipo de cambios para alcanzar un rendimiento óptimo,si estas haciendo test el procesador se pone al máximo de su capacidad y esto puede hacer aumentar la temperatura del móvil,nuestro teléfono tiene un sistema de seguridad que llegado al caso como protección automáticamente baja considerablemente el OC y paulatinamente se va recuperando a medida que va cogiendo una temperatura mas normalizada,es por eso que usando frecuencias altas no nos de la puntuación esperada,porque en mitad del test nuestro procesador trabajara a 1.5mhz o incluso menos,esto explicaria que en frecuencias más altas no obtengamos la puntuación esperada,no llegando a alcanzar ni la que nos da con un kernel de serie,nos ocurre lo mismo con los juegos,que sin darnos cuenta puede sufrir un calentón y bajar el OC,con los juegos es donde mas forzado trabaja y seguro que en realidad el procesador en esos momentos trabaje a una frecuencia muy inferior a la que creemos ,esto puede hacer que notemos lags,lentitud en el sistema etc.. lo mejor es esperar que el kernel asiente bien y probar con el un par de días con sus debidos reinició.