Yo te explico un poco esas 2 respuestas y tu ya elijes que te conviene a tus gustos y uso del movil.
Las ROMs AOSP suelen salir a diario en sus versiones Nightlys. Por asi decirlo son una especie de betas que se compilan a diario de forma automatica con los cambios echos a mano que se han ido haciendo desde la anterior compilacion por los desarrolladores. Estos o prueban las ROMs o las mejoran (todo no se puede hacer a la vez y solo las cosas puntuales son las que mas se prueban aunque lo justo).
Los usuarios son realmente los betatester, reportan los bugs y lo que va bien y los desarrolladores lo van reparando, mejorando, optimizando, añaden nuevas opciones, etc... en las siguientes.
Todo esto tiene un precio y es que para un total funcionamiento se ha de compilar todo junto en el momento. Un kernel de ayer funcionara con la de hoy (si no tiene cambios en librerias u otras cosas importantes) pero no esta todo lo bien encajado todo como uno compilado junto a la ROM a la misma vez ya que esta adaptado a los ultimos cambios recibidos en el source.
Eso no quiere decir que lo que haga CM (por poner un ejemplo y ser de quien cogen el resto el source para crear sus proyectos como PAC, Slim, Paranoid, carbon...) no se pueda mejorar aun mas y aqui es donde entra pedestre con su kernel apolo que consigue mejores consumos puede que acosta de algo de rendimiento.
Eso depende del aguante de tu procesador por que cada uno aun siendo de la misma hornada tienen valores distintos que el fabricante tapa poniendo unos por defecto que sabe seran ideales para todos sus SoC sin que den problemas de congelaciones, reinicios... en ninguno (aunque si tienes suerte el tuyo sera de los que puedas estrujar mas a base de OC, OV...).
Para que te hagas una idea de lo que puede pasar con un kernel que no esta compilado con la ROM, no hace mucho CM cogio una proteccion de Linux llamada SELinux (sabiendolo usar puede ser un arma determinante para posibles hackers). Pues otro kernel muy famoso por ser un todo terreno (compatible a la vez con Stock y AOSP, poder hacer dualboot y elegir en el arranque usar una de las 2 ROMs que gracias a el puedes intalar, etc...) pues a dia de hoy este kernel deshabilita la posibilidad de usar esa proteccion.
Apolo es un kernel magnifico en consumos, y mil posibilidades de configuracion (incluido BLN para usar las luces de los botones fisicos tactiles para avisos de notificaciones, llamadas...), aunque no suele suceder, no es un kernel compilado a diario y puedes perder alguna función en según que dia de compilacion de una nighlty o tener un poco de inestabilidad (nunca se sabe y por eso suele recomiendar usar el kernel stock de cada proyecto AOSP y nightly).
PD: Ni samsung, ni CM añaden el BLN a sus kernel, precisamente por que consume algo mas y se pierde algo de estabilidad general en el sistema. Aunque por otro lado el usuario normal (y me incluyo), no notaremos gran diferencia, si es un dato importante a tener en cuenta.
Resumiendo si quieres que todo este encajado a la perfecion, usa el kernel stock de la AOSP que instales, si quieres mejorar el consumo a costa tal vez de algun posible bug, puede que un poco de inestabilidad, o a saber ya que no tiene por que ocurrir y si ocurre apenas se notara si no eres todo un experto en el desarrollo de android el apolo, kangban o dorimanx son tu eleccion (y esto dicho por un grande de los kernels, gorkhamoral desarrollador del primer kernel todoterreno llamado siyah, el inspirador del dorimanx que usa incluso el source de este para ser compatible con las Stock y AOSP al igual que el primero).