A ver, si vas a actualizar via ota o kies no necesitas tanto rollo. La actualización es compatible con todo lo que ya tenias. Los datos y personalizaciones quedan como estaban.
Si vienes de una rom modificada pues olvidate de eso, los datos de sistema no son compatibles y tendrás errores. Ahi si tienes que restaurar de fábrica o hacer wipe de datos, luego si quieres restaura con Hellium, titanium backup o similares pero solo aplicaciones de usuario, obviamente debiste respaldar antes con la misma aplicación.
Siempre es bueno tener un respaldo. Kies ayuda en eso pero solo lo hace con aplicaciones, no con datos y si con fotos, videos, etc. Puedes usar helium para respaldar datos de usuario sin necesidad de root.