No te compliques en entender esto. Es bien sencillo. Las aplicaciones superuser y esa que dices (no la conozco) ocupan root antes, es decir, ya había algo que abre la posibilidad de usarlos. En el caso de superuser no es que quite el root, es que si lo quitas hazde cuenta que no trae root.
Ese cyanogen estaba hecho precisamente para quitar toda la rom stock y eso si invalida la garantía. El root ni el knox afectan la garantía necesariamente, es el mal uso lo que la puede afectar. Cambiar una rom completa obviamente si porque el fabricante pone su rom en específico para que funcione con su hardware.
Ahora bien, de seguro cyanogen no hace lo necesario para quedarse en google play. Y de seguro muy pocos usuarios lo usarían, si de por si son muy pocos los que hacen root, pues son muchos menos los que flashean y mucho menos los que ponen roms cyanogen.
Es mas el alboroto de unos cuantos provocado por este tipo de noticias.
