Para empezar si tienes hecho el root+recovery te diria que le hagas a la rom que tienes ahora mismo un wipe desde el recovery. Le haces las dos primeras opciones, y reinicias. Te dejara la rom actual como la primera vez que arranca. (no como el primer dia de fabrica). Asi que lo que no tengas guardado y tal lo perderas. No creo que por lo del root se te haya quedado eso pillado.
Preguntas:
Las cosas que necesitan root te han funcionado bien no?
Al igual que el recovery te ha ido bien no?
Que rom tienes ahora mismo?