Pues es raro, yo abro el supersu y no me dice nada de des actualizado ni nada, y tengo el binario que he metido en la ROM. Puede que no te hiciera bien la instalación y no sobreescribiera el binario. Prueba a flashear el kernel CM, reiniciar el recovery, hacer los wipes y los tres formats (el format sd no) y instalar la ROM y las gapps.