Yo con este teléfono no tengo experiencia pero si he flasheado bastante con otros y si la base (no el modem/radio ni el kernel) es la misma (lo normal es que lo sea si es un paso de 3.0 a 3.1) con limpiar las cachés es suficiente, pero si cambias la base de la ROM, entonces es mejor hacer Factory Reset y formatear el área de sistema reinstalándolo todo, de todas maneras al ser un teléfono "rooteado" con Titanium Backup haces copia de seguridad de todo y luego restauras sin problemas la mayoría de las cosas.