Yo personalmente no te recomiendo el cambio a no ser que quieras un teléfono más pequeño/manejable o quieras tener actualizaciones el primero. Tuve el primer Nexus, el de HTC, y ahora lo hemos sustituido por un Galaxy Nexus. Aparte, he probado bastante el Nexus 4 y el 5 de un amigo. Son grandes teléfonos y van muy fluidos (ahora mismo en el Galaxy Nexus tengo una ROM MIUI que va fluidisima, y eso que el hardware de ese teléfono ya no es casi ni gama media), pero, para mi gusto, se quedan muy pelados tal y como vienen.
Siempre se ha dicho que la fluidez de los Nexus es envidiable, pero, sin embargo, viendo vídeos como éste:
Compruebo que mi NOTE 3 va tan bien como el NEXUS 5... la cámara se abre rápido, las transiciones son rápidas, sin lags... (debo decir que uso NOVA Launcher con las transiciones a 0.5x), salvo por el dialer. Pero sin embargo, el NOTE 3 trae muchas más opciones de software que el Nexus 5. Por ejemplo, hasta ahora en Android puro no se podia hacer lo de bajar la barra de notificaciones estando en pantalla completa, mientras que ya desde el Galaxy S2 podia hacerlo, y lo de en el Nexus 5 el porcentaje de bateria restante tenga color blanco sobre blanco me parece un fail. Curiosamente, y según se puede ver en el vídeo y comenta el autor del mismo, la app YOUTUBE tiene un retraso al arrancar del que padecen todos los terminales. Pensaba que en el Nexus 5 arrancaria más rápido que en el NOTE 3 (que se nota como un segundo de retraso), pero veo que no, que le pasa lo mismo, así que me imagino que será culpa de la app.
Lo que quiero decir con esto es que con el Nexus 5 echaria mucho de menos cosas como smart stay, control por gestos, multi-window, silenciar el teléfono al voltearlo, (entre otras "features" de Touchwiz, que no se pierden al usar otros Launchers), y no quiero tener que estar instalando chorrocientas aplicaciones de terceros solo para poder hacer cosas que el NOTE 3 hace de serie... e incluso teniendo ésto en cuenta, el NOTE 3 sigue aventajando al Nexus en tamaño de pantalla (si no te importa que el telefono sea más grande), bateria, altavoces, grabación en 4K, bateria extraible, tarjeta SD externa, botones FUERA de la pantalla, SPEN...). En calidad de pantalla no voy a entrar, creo que ambas son muy buenas y además la del NOTE 3 me parece la mejor AMOLED que se ha hecho, tiene una reproducción del color más precisa, los blancos son más blancos y por fin se puede usar perfectamente bajo pleno sol (la del NOTE 2 en este sentido era horrible).
De hecho, incluso si aún tuviera mi NOTE 2 dudo que lo cambiara por el NEXUS 5, ya que perderia tamaño de pantalla, bateria y SPEN, a pesar de ganar en potencia bruta... (no juego mucho con el móvil). Desde luego, el NOTE 3 ni me plantearia cambiarlo por un Nexus 5, vamos, ni de lejos. Siempre he dicho que hoy por hoy el NOTE 3 es el smartphone más completo, y que para ser perfecto solo le faltaria la resistencia al agua de los Xperia Z y el estabilizador óptico del G2 (dejando la cuestión del tamaño aparte).
En cuanto a personalizaciones, rootear, cambio de ROMS... con el NOTE 3 cambiar la ROM no se hasta qué punto te va a hacer falta, pero bueno, ahí lo dejo a criterio de cada uno. Pero vamos, que poder hacerlo, lo puedes hacer sin hacer saltar el KNOX. Pásate por la sección de ROMS y verás que hay al menos una manera de hacerlo.
Tú decides.