No se que programa GPS vas a usar (yo uso TomTom y lo tengo instalado en la micro SD y va sin problemas), pero para instalar un programa desde el PC con ActiveSync (o con el Centro de dispositivos de Windows Mobile) activado, el programa se instala y cuando termina te dice que mires el dispositivo. Miras la PDA y verás que te dice que donde lo quieres instalar, si en la memoria principal o en la tarjeta de almacenamiento. Seleccionas y ya está.
Saludos.