Efectivamente, imaginate que en CWM hiciste un backup.... Al cambiar de CWM a TWRP no se auto borra porque no puede valorar la utilidad de lo que tienes dentro de la propia carpeta.
Si CREES que el backup o lo que tengas dentro de la carpeta CWM no lo vas a utilizar nunca, es decir, que si volvieras por cualquier circunstancia a CWM no vas a utilizar nada de lo antiguo, tenerlo ahi no sirve de nada jajajaja solo sirve si pretendes utilizar la información que haya dentro de esas carpetas en un futuro.