Primero tienes que ver si el juego/emu soporta el pad físico y si te lo reconoce a la primera, muchos ya tienen el mapeado correcto configurado.
Si no es así tiene que haber una opción tipo "input" para asignar (bind) una acción a cada botón.
En el caso de que no exista y sólo tengas control táctil tienes que pulsar el botón con el dibujo del pad y sacar el mapeador, tan sólo tienes que arrastrar el dibujo de cada botón físico (A, B, L1, START...) a la parte de la pantalla que quieras para asignarle esa acción y darle a guardar en la esquina superior izquierda. Por ejemplo, en Modern Combat 4 tienes un icono en pantalla para disparar, yo arrastro el dibujo del R1 ahí y después de guardar ya puedo disparar pulsando ese botón. Normalmente el stick analogico derecho viene con una posición fija pero si necesitas moverlo al abrir el mapeador tienes que elegir en la esquina superior izquierda el Mode 2 y arrastrar el pad.