Hola,
supongo que lo sabrás pero la autenticación de la red Eduroam es EAP-TTLS, ese tipo de sistema de autenticación no está soportado por windows mobile, no obstante, existe un software de secureW2 que añade el soporte al movil. Así no necesitas pasar por el portal web y podrás usar otros programas a través de la red como puede ser skype. En el siguiente hilo de xda-developers dicen que va.
http://forum.xda-developers.com/showthread.php?t=594518
Y aquí tienes una página de la universidad de Murcia con un link al programa y cómo configurarlo.
http://www.um.es/atica/eduroam/configuracion/pocketpc
yo no lo tengo y no te puedo decir si funciona pero espero que te sirva.
Salu2 a to2